A causa della loro enorme mole, i Grandi Bovari Svizzeri presentano alcune criticità tipiche della razza. Al centro dell'attenzione ci sono soprattutto le articolazioni, gli occhi, le malattie neurologiche e il rischio, potenzialmente letale, di torsione gastrica. Nello Schweizer Sennenhund-Verein für Deutschland e.V. (SSV) sono perciò obbligatori, prima dell'impiego in riproduzione, specifici controlli sanitari: i genitori vengono sottoposti a radiografia per la displasia dell'anca (HD), la displasia del gomito (ED) e l'osteocondrite dissecante (OCD, un disturbo dello sviluppo cartilagineo-osseo). Inoltre è obbligatoria una visita oculistica clinica per la cataratta e per altre anomalie oculari. Questi controlli riducono sensibilmente il rischio di patologie articolari e oculari nella progenie.
Inoltre, nella razza si riscontrano anomalie delle palpebre (ectropion ed entropion) e la condrodisplasia associata a SLC13A1 (un disturbo ereditario della crescita di cartilagine e ossa). Anche le malattie neurologiche sono un tema noto nella popolazione. Poiché non esistono semplici test preventivi per ognuno di questi problemi, gli allevatori responsabili studiano con grande attenzione i pedigree, per ridurre nelle loro linee il rischio di malattie neurologiche e di altre ricorrenze familiari.
Anche tu, come proprietario, dopo l'arrivo del cucciolo hai una grande responsabilità per la sua salute, con un'aspettativa di vita da 10 a 11 anni: nel primo anno di vita assicurati che la crescita sia lenta, grazie a un'alimentazione adeguata e a un movimento che non sovraccarichi le articolazioni. Salire le scale e frenare bruscamente sono tabù per questi giovani cani così pesanti. Per ridurre al minimo il rischio di torsione gastrica nella vita quotidiana, pianifica dopo ogni pasto rigorosi periodi di riposo e suddividi il cibo in più porzioni nell'arco della giornata.
