Se ben allevati, i Barboni Toy sono considerati compagni in forma, ma per la taglia ridotta presentano rischi tipici della razza per ginocchia, occhi e disturbi della coagulazione. Un allevatore attento alla salute evita la miniaturizzazione estrema per proteggere la struttura ossea della linea e usa in modo mirato la diagnostica, come previsto per esempio dal Deutscher Pudel-Klub e.V. (il club tedesco del barbone).
Per le articolazioni in primo piano c'è la lussazione della rotula (la fuoriuscita della rotula dalla sua sede), a cui si aggiungono i controlli per displasia del gomito (ED). Palpazione clinica e radiografie dei genitori riducono nettamente il rischio nei cuccioli. Anche gli occhi, prima della riproduzione, devono essere controllati clinicamente da uno specialista per la cataratta.
Per diverse malattie ereditarie del Barbone Toy esistono test del DNA consolidati. Tra queste l'atrofia progressiva della retina (prcd-PRA), una degenerazione progressiva della retina, e l'encefalopatia neonatale con crisi convulsive (NEWS). Altri temi rilevanti nella razza sono il disturbo della coagulazione malattia di von Willebrand di tipo I (vWD1) e la mielopatia degenerativa (DM). Un test genetico mostra in modo affidabile se un genitore è libero, portatore o affetto. Per prcd-PRA, NEWS e DM un allevatore serio accoppia i portatori esclusivamente con partner comprovatamente liberi, mentre per la malattia di von Willebrand di tipo I impiega solo soggetti liberi, così che nessun cucciolo possa ereditare la rispettiva mutazione da entrambi i genitori. Più avanti, nella vita quotidiana, cura un peso sano e una crescita che rispetti le articolazioni (poche scale e niente salti da divani alti nel primo anno) e, in caso di interventi veterinari, tieni sempre presente la coagulazione.
