Przy dobrej hodowli owczarki australijskie uchodzą za psy odporne i sprawne. Mimo to rasa ma swoje specyficzne zagrożenia zdrowotne dotyczące stawów, oczu i metabolizmu. Klub owczarka australijskiego w Niemczech (Club für Australian Shepherd Deutschland e.V., CASD) dlatego nakłada na swoich hodowców obowiązek wykonywania określonych badań, które wyraźnie zmniejszają ryzyko dla potomstwa.
Jednym z kluczowych tematów jest mutacja MDR1, genetycznie uwarunkowana nadwrażliwość na leki. Test genetyczny pokazuje, czy pies rodzicielski jest wolny od mutacji, nosicielem czy obciążonym, dzięki czemu hodowca może świadomie zaplanować krycie. W codziennym życiu oznacza to: przed znieczuleniem lub odrobaczaniem zawsze informuj weterynarza o statusie MDR1 swojego psa. Kolejne ryzyko typowe dla rasy wiąże się bezpośrednio z czynnikiem merle. Rzetelni hodowcy konsekwentnie wykluczają krycie dwóch psów merle (merle z merle), ponieważ takie połączenie może prowadzić do bardzo ciężkich wad oczu, takich jak mikroftalmia (zbyt małe oczy), oraz do wrodzonej głuchoty.
Problemów ze stawami, takich jak dysplazja stawu biodrowego (HD) i dysplazja stawu łokciowego (ED), nie da się wykryć testem DNA; ryzyko zmniejszają tu oficjalne oceny zdjęć rentgenowskich psów rodzicielskich. Aby chronić stawy rosnącego Aussiego, w pierwszym roku życia musisz koniecznie zadbać o oszczędzający stawy sposób odchowu, bez wczesnych obciążeń skokami. Ponieważ w rasie występują ponadto choroby oczu, takie jak zaćma, anomalia oczu collie (CEA), uogólniony postępujący zanik siatkówki (PRA) i pannus, aktualne okulistyczne badanie oczu psów rodzicielskich jest obowiązkowe.
Poza tym u owczarka australijskiego występują inne problemy zdrowotne, dla których często nie ma prostych badań profilaktycznych: należą do nich padaczka, choroby serca, zwichnięcie rzepki i zwyrodnieniowa mielopatia. Zapytaj hodowcę wprost o znane przypadki w liniach hodowlanych.