Australští ovčáci z kvalitního chovu platí za odolné a zdatné psy. Přesto s sebou plemeno nese specifická zdravotní rizika týkající se kloubů, očí a metabolismu. Německý klub chovatelů australských ovčáků (Club für Australian Shepherd Deutschland e.V., CASD) proto svým chovatelům předepisuje cílená vyšetření, která riziko pro potomstvo výrazně snižují.
Klíčovým tématem je defekt MDR1, geneticky podmíněná přecitlivělost na léky. Genetický test ukáže, zda je rodičovské zvíře bez mutace, nositel, nebo postižené, takže chovatel může krytí plánovat cíleně. Pro tvůj každodenní život z toho plyne: před narkózou nebo odčervením vždy upozorni veterináře na MDR1 status svého psa. Další riziko typické pro plemeno přímo souvisí s faktorem merle. Seriózní chovatelé důsledně vylučují spojení dvou merle psů (merle krát merle), protože tato kombinace může vést k nejtěžším vývojovým vadám očí, jako je mikroftalmie (příliš malé oči), a k vrozené hluchotě.
Problémy s klouby, jako jsou dysplazie kyčelních kloubů (HD) a dysplazie loketních kloubů (ED), nelze zjistit DNA testem; riziko tu snižuje oficiální vyhodnocení rentgenových snímků rodičovských zvířat. Abys ochránil klouby svého rostoucího aussieho, musíš v prvním roce života bezpodmínečně dbát na odchov šetrný ke kloubům, bez raného zatěžování skoky. Protože se u plemene navíc vyskytují oční choroby jako katarakta, anomálie oka kolií (CEA), generalizovaná progresivní retinální atrofie (PRA) a pannus, je aktuální oftalmologické vyšetření očí rodičovských zvířat povinností.
Kromě toho se u australského ovčáka objevují další zdravotní problémy, pro které často neexistují jednoduché preventivní testy: patří sem epilepsie, srdeční choroby, luxace patelly a degenerativní myelopatie. Zeptej se chovatele zcela přímo na známé případy v chovných liniích.