Rotvajler je považován za odolného psa, má ale průměrnou délku života 8 až 10 let a jasný zdravotní rizikový profil: Kyčle, lokty a srdce často zůstávají tématem po celý život. Protože vysoká tělesná hmotnost silně zatěžuje pohybový aparát, jsou dysplazie kyčelního kloubu (HD) a dysplazie loketního kloubu (ED) ústředními výzvami. Oficiální vyhodnocení rentgenu rodičů výrazně snižuje riziko těžkého poškození kloubů u potomků. Jako kupující pak neseš odpovědnost ty: Bez přísného hlídání hmotnosti a pohybu šetrného ke kloubům v prvním roce života mohou později vzniknout závažné kloubní problémy.
Dalším klíčovým rizikem je srdce, zejména stenóza aorty. Seriózní chovatelé nechávají srdce chovných psů kardiologicky vyšetřit ultrazvukem (doppler), aby postižené psy vyřadili z chovu. U rotvajlera je navíc naprosto nepostradatelný DNA test na juvenilní laryngeální paralýzu a polyneuropatii (JLPP), smrtelně probíhající nervové onemocnění. Genetický test spolehlivě ukáže, zda je rodič volný, nebo přenašeč. Zodpovědný chovatel spojuje přenašeče výhradně s geneticky volnými partnery, takže žádné štěně nemůže zdědit mutaci JLPP od obou rodičů. Dbej také na to, aby se dodržovaly chovatelské standardy, jako je kontrola vad chrupu a omezený počet krytí u psů, aby se zachovala genetická rozmanitost.
Kromě toho existují u rotvajlera další zdravotní témata typická pro plemeno, pro která zčásti neexistují rutinní genetické testy předem: Patří k nim wobbler syndrom (cervikální spondylomyelopatie), přetržení zkřížených vazů, Duchennova svalová dystrofie, neuroaxonální dystrofie, histiocytóza, familiární nefropatie a pankreatitida. V plemeni se vyskytují i oční problémy (katarakta, ektropium/entropium, dysplazie sítnice, generalizovaná progresivní atrofie sítnice), kožní témata, jako je demodikóza, a vrozená hluchota. Protože v Německu platí zákaz kupírování podle § 6 TierSchG (německého zákona na ochranu zvířat), musí mít štěně bezpodmínečně svůj přirozený, dlouhý ocas.