Nonostante l'elevata aspettativa di vita, per le sue dimensioni ridotte e la forma della testa tipica della razza il Chihuahua presenta punti deboli specifici a carico di respirazione, ginocchia, occhi e cuore. Il controllo obbligatorio più importante nei club di razza riguarda la lussazione della rotula (la fuoriuscita della rotula dalla sua sede). Un allevatore serio fa visitare clinicamente le ginocchia dei genitori, per ridurre il rischio nei cuccioli.
Inoltre molti problemi di salute sono direttamente collegati alla forma del cranio e alla miniaturizzazione estrema: tra questi l'idrocefalo e le malattie neurologiche malformazione di tipo Chiari (CM) e siringomielia (SM). Anche il cuore, in particolare per l'endocardiosi della valvola mitrale o la persistenza del dotto arterioso (PDA), e gli occhi sono punti sensibili. I problemi oculari tipici della razza sono la cheratocongiuntivite secca (occhio secco), la distrofia corneale, il glaucoma primario ad angolo aperto e l'atrofia progressiva della retina (PRA). Per questo gli allevatori responsabili, oltre alle ginocchia, fanno controllare dal veterinario anche cuore e occhi dei riproduttori, puntano su una forma del cranio moderata con vie respiratorie libere e rinunciano rigorosamente alla miniaturizzazione estrema.
Anche pelle e mantello meritano attenzione: oltre all'alopecia a disegno (Pattern Baldness) e alla demodicosi, nei cani con colori diluiti come il blu compare la Color Dilution Alopecia (alopecia da diluizione del colore, «Blue Dog Syndrome»), che porta a perdita del pelo e infiammazioni della pelle. Nei cuccioli maschi si presenta inoltre il criptorchidismo (testicolo ritenuto).
