Bordercollies gelden bij zorgvuldige selectie voor de fokkerij als robuuste honden, maar hebben wel specifieke genetische en anatomische risico’s. De aandacht gaat vooral uit naar de gewrichten, de ogen en een bijzondere gevoeligheid voor medicijnen. Een belangrijk punt is het MDR1-defect, dat leidt tot een gevaarlijke overgevoeligheid voor bepaalde geneesmiddelen. Daarnaast komen rasspecifieke oogaandoeningen voor, zoals Collie Eye Anomaly (CEA), cataract, lensluxatie, microftalmie, pannus (chronische superficiële keratitis) en progressieve retina-atrofie (PRA).
Een fokker die gezondheid vooropstelt, maakt gebruik van erkende DNA-tests (bijvoorbeeld voor het MDR1-defect en CEA), die laten zien of een ouderdier vrij, drager of lijder is, om door gerichte combinaties het risico voor de pups te verlagen. In de Club für Britische Hütehunde e.V. (CfBrH) zijn gentests op MDR1, CEA, de vachtkleur merle, tandhypomineralisatie, IGS, NCL, sensorische neuropathie en TNS verplicht, evenals de heupröntgenfoto voor HD, een oogonderzoek door een specialist en het onderzoek naar pectinaatbanddysplasie (PLD). Het merle-gen is bij de Bordercollie bijzonder belangrijk: als twee merle-dragers worden gepaard, neemt het risico op ernstige oog- en gehoorschade drastisch toe. Bovendien laten serieuze fokkers de heupen (op heupdysplasie) en ellebogen röntgenen en de ogen klinisch onderzoeken, om het risico op gewrichts- en oogproblemen in de lijn zo klein mogelijk te houden. Andere onderwerpen waarnaar je over de foklijn moet vragen, zijn aangeboren of op volwassen leeftijd optredende doofheid, het grey-collie-syndroom (cyclische hematopoëse) en cerebellaire abiotrofie.