Mimo dużej długości życia chihuahua ze względu na drobną budowę i typowy dla rasy kształt głowy ma określone słabe punkty zdrowotne dotyczące oddychania, kolan, oczu i serca. Najważniejsze badanie wymagane w klubie hodowlanym dotyczy zwichnięcia rzepki (wyskakiwania rzepki ze stawu). Rzetelny hodowca zleca kliniczne badanie kolan rodziców, aby zmniejszyć ryzyko u potomstwa.
Ponadto wiele problemów zdrowotnych wiąże się bezpośrednio z kształtem czaszki i skrajną miniaturyzacją: należą do nich wodogłowie oraz choroby neurologiczne – malformacja typu Chiari (CM) i syringomielia (SM). Wrażliwymi punktami są też serce – zwłaszcza w związku z endokardiozą zastawki mitralnej lub przetrwałym przewodem tętniczym (PDA) – oraz oczy. Typowe dla rasy choroby oczu to suche zapalenie rogówki i spojówek (zespół suchego oka), dystrofia rogówki, jaskra pierwotna otwartego kąta i postępujący zanik siatkówki (PRA). Odpowiedzialni hodowcy zlecają więc lekarzowi weterynarii badanie nie tylko kolan, ale też serca i oczu psów hodowlanych, dbają o umiarkowany kształt czaszki z drożnymi drogami oddechowymi i stanowczo rezygnują ze skrajnej miniaturyzacji.
Uwagi wymagają również skóra i sierść: oprócz wzorcowego łysienia (Pattern Baldness) i demodekozy występuje u psów o rozjaśnionych umaszczeniach, takich jak niebieskie, łysienie związane z rozjaśnieniem barwy (Color Dilution Alopecia, tzw. Blue Dog Syndrom), które prowadzi do utraty sierści i zapaleń skóry. U szczeniąt płci męskiej zdarza się ponadto wnętrostwo (niezstąpienie jąder).
