Border Collies gelten bei sorgfältiger Zuchtauswahl als robuste Hunde, bringen jedoch spezifische genetische und anatomische Risiken mit. Im Fokus stehen die Gelenke, die Augen und eine besondere Medikamentenempfindlichkeit. Ein zentrales Thema ist der MDR1-Defekt, der zu einer gefährlichen Überempfindlichkeit gegenüber bestimmten Arzneimitteln führt. Zudem treten rassetypische Augenerkrankungen wie die Collie-Augenanomalie (CEA), Katarakt, Linsenluxation, Mikrophthalmie, Pannus (chronische superfizielle Keratitis) und die Progressive retinale Atrophie (PRA) auf.
Ein gesundheitsorientierter Züchter nutzt etablierte DNA-Tests (etwa für den MDR1-Defekt und CEA), die zeigen, ob ein Elterntier frei, Anlageträger oder betroffen ist, um durch gezielte Verpaarung das Risiko für die Welpen zu senken. Im Club für Britische Hütehunde e.V. (CfBrH) sind Gentests auf MDR1, CEA, die Fellfarbe Merle, Zahnhypomineralisation, IGS, NCL, Sensorische Neuropathie und TNS sowie das HD-Röntgen, eine fachtierärztliche Augenuntersuchung und die Untersuchung auf Pektinatbanddysplasie (PLD) vorgeschrieben. Das Merle-Gen ist beim Border Collie besonders wichtig: Werden zwei Merle-Träger verpaart, steigt das Risiko für schwere Augen- und Gehörschäden drastisch an. Zudem lassen seriöse Züchter Hüften (auf Hüftgelenksdysplasie) und Ellenbogen röntgen sowie die Augen klinisch untersuchen, um das Risiko für Gelenk- und Augenprobleme in der Linie zu minimieren. Weitere Themen, nach denen du in der Zuchtlinie fragen solltest, sind angeborene oder im Erwachsenenalter auftretende Taubheit, das Grey-Collie-Syndrom (Zyklische Hämatopoese) und Zerebelläre Abiotrophie.