Toy-Pudel gelten bei guter Zucht als fitte Begleiter, bringen durch ihre geringe Größe aber rassetypische Risiken für Knie, Augen und Blutgerinnungsstörungen mit. Ein gesundheitsorientierter Züchter meidet extreme Verzwergung, um den Knochenbau der Linie zu schützen, und setzt gezielt Diagnostik ein, wie sie etwa der Deutsche Pudel-Klub e.V. vorsieht.
Bei den Gelenken steht die Patellaluxation (das Herausspringen der Kniescheibe) im Vordergrund, ergänzt durch Untersuchungen auf Ellenbogendysplasie (ED). Klinische Tast- und Röntgenuntersuchungen der Elterntiere senken das Risiko für den Nachwuchs deutlich. Auch die Augen müssen vor dem Zuchteinsatz durch einen Facharzt klinisch auf Katarakt (Grauer Star) geprüft werden.
Für mehrere Erbkrankheiten beim Toy-Pudel existieren etablierte DNA-Tests. Dazu gehören die Progressive Retinaatrophie (prcd-PRA), eine fortschreitende Netzhautdegeneration, sowie die Neonatale Enzephalopathie mit Krampfanfällen (NEWS). Weitere relevante Themen in der Rasse sind die Blutgerinnungsstörung Von-Willebrand-Erkrankung Typ I (vWD1) und die Degenerative Myelopathie (DM). Ein Gentest zeigt zuverlässig, ob ein Elterntier frei, Anlageträger oder betroffen ist. Bei prcd-PRA, NEWS und DM verpaart ein seriöser Züchter Anlageträger ausschließlich mit nachweislich freien Partnern, bei der Von-Willebrand-Erkrankung Typ I setzt er nur freie Tiere ein, sodass kein Welpe die jeweilige Mutation von beiden Elternteilen erben kann. Achte im späteren Alltag auf ein gesundes Gewicht, eine gelenkschonende Aufzucht (wenig Treppensteigen und keine Sprünge von hohen Sofas im ersten Jahr) und behalte bei tierärztlichen Eingriffen die Blutgerinnung im Hinterkopf.